Η Σαμοθράκη, σε αναλογία με την έκτασή της, έχει εντυπωσιακά μεγάλη ποικιλία βλάστησης με πάνω από 1441 είδη χλωρίδας, από τα 5.800 περίπου που φύονται στη χώρα μας, να απαντώνται στο νησί. Πέρα από τα πλατάνια, τις βελανιδιές, τις καστανιές, τα σφενδάμια και τις φτέρες υπάρχουν και κάποια σπάνια είδη όπως ο Ίταμος (Taxus baccata), οι υπεραιωνόβιοι άρκευθοι (Juniperus excelsa και Juniperus foetidissima) και η Centaurea (Centaurea samothracica), ένα ποώδες φυτό της οικογένειας Μαργαρίτα που ανακαλύφθηκε το 2005.
Παρ’ όλη όμως την πλούσια βλάστηση του νησιού σε πολλά βουνά της προβάλλουν γυμνά βράχια εξαιτίας της υπερβόσκησης. Όπως συμβαίνει και σε πολλές άλλες περιοχές της Ελλάδας έτσι και εδώ μεγάλος αριθμός αιγών βόσκουν ανεξέλεγκτα στις δασικές εκτάσεις προκαλώντας ζημίες στην υψηλή βλάστηση, μείωση της βιοποικιλότητας και της φυσικής αναγέννησης, απογύμνωση, συμπίεση και υποβάθμιση του εδάφους.
Μέσα από το Πρόγραμμα Δημοσίων Επενδύσεων 2019-2020 το Δασαρχείο Αλεξανδρούπολης στην προσπάθεια του να προστατεύσει και να αυξήσει τη βιοποικιλότητα, με τη μείωση της βοσκητικής πίεσης, προχώρησε στην περίφραξη 39,1 στρ. σε διάσπαρτες θέσεις στις περιοχές “Kουφούκλιο” και “Μαρτίνη” Σαμοθράκης.
Τα αποτελέσματα του έργου ήταν εντυπωσιακά. Στο έδαφος άρχισε να παρατηρείται αναγέννηση των αυτόχθονων δασικών ειδών και αναμένεται σε μερικά χρόνια να επανέλθει το δάσος στην πρότερή του μορφή. Το έργο της περίφραξης δασικών εκτάσεων θα συνεχιστεί και φέτος από την ίδια πηγή χρηματοδότησης.